Il mare aperto

 

Alcuni organismi che vivono normalmente in mare aperto entrano nell'area marina protetta se spinti dalle correnti, come le meduse, sia seguendo rotte migratorie, sia alla ricerca di cibo. Le specie di meduse che si incontrano possono avere diverso potere urticante. Tra quelle più pericolose certamente Pelagia noctiluca che può provocare gravi traumi ai malcapitati. Ben poco o quasi per nulla urticante Rizhostoma pulmo una medusa compatta e biancastra che si osserva spesso lungo la costa. 
Numerosi pesci si avvicinano alla costa come acciughe, agugle e cefali che sono inseguiti da pesci più grossi come sgombri, palamite, leccie, ricciole (
Seriola dumerili) e tonni. Particolari sono i pesci luna che si osservano in gran numero nel periodo estivo. Non mancano squali come la verdesca, trigoni, aquile di mare e, occasionalmente, anche mante. 
Sono sempre più frequenti, per fortuna, gli avvistamenti di tartarughe 
Caretta caretta, mentre sono molto più rari quelli della grossa tartaruga liuto (Dermochelis coriacea). Questi rettili che nuotano spesso in superficie, rischiano spesso incidenti con imbarcazioni e traumi causati da attrezzi di pesca. Cibandosi di meduse come i pesci luna possono addentare per errore i sacchetti di plastica galleggianti con gravi conseguenze.  
l'Area Marina Protetta di Portofino è all'interno del Santuario dei cetacei una zona particolarmente ricca di delfini e balene. Non è raro infatti osservare tursiopi (Tursiops truncatus), stenelle (Stenella ceruleoalba) e delfini comuni (Delphinus delphis) nuotare nelle acque costiere. Altri cetacei come la balenottera comune e il capodoglio sono più rari ma talvolta si avvicinano alla costa.